土壤高度盐碱化。过量施用化肥后，大量的硫酸根离子、氯离子、磷酸根残留在土壤当中，与土壤中的钠离子结合形成盐，导致土壤盐碱化，土壤失去活性，为了追求产量，农民不断加大化肥的使用量，更增加了土壤的盐含量，形成恶性循环，终导致土壤的次生盐渍化，长此以往，后的结局不堪设想。
土壤严重板结。由于大量使用化肥，土壤有机质下降，致使农田土地严重板结、土壤透气性差、蓄水能力差，作物根系不易生长，植株弱小。近几年来我市大棚番茄出现的早衰黄叶现象就很好的反映了这一问题。
土壤线虫危害越来越严重。长期大量使用化肥，会诱使线虫发生，同时土壤有益的生物菌减少，不能抑制线虫的发生，给生产带来很大的危害；而且防治线虫的药剂多数毒性大，和无公害生产相抵触，同时防治的投入很高，低毒的农药不是效果不好就是成本过高，大大影响了农业生产的效益。
农作物缺素症越来越突出。过量使用化肥，影响微量元素的吸收，其实质不是土壤中缺乏微量元素，而是土壤中微量元素与氮磷钾产生抵抗作用或与大量元素的比例失调，造成农作物难以吸收。这也是为什么植物所需的水分、无机肥分充分供应之后，植物仍旧不能茂盛地成长，根部不能完全地吸收这些养分的原因。
导致农作物病害发生严重。土壤中单一使用化肥，破坏了土壤中的微生物群体平衡，有益菌减少、病虫害大量繁衍的主要原因。举个简单的例子进一步说明这个问题，80年代以前一棵大豆、花生根上，有上百个根瘤，而现在一棵大豆、花生根上的不足几十个，这就是大量使用化肥导致打破土壤中的微生物群体平衡，有益菌和有害菌比例失调的一个很明显的例子。
农产品品质下降。过量使用化肥，片面强调了氮磷钾等无机营养元素的供给，破坏了植物对有机养分和无机养分的平衡吸收，以致瓜果不甜、菜不香了。
单纯使用化肥使用的危害：
1、化肥中不含有机质、腐殖质，因此大量使用化肥，土壤由于有机质和腐殖质的缺乏，土壤团粒结构遭到破坏，造成土壤板结，农作物产量下降。2、化肥利用率低，氮肥因为易挥发、流失，利用率只有30%-50%，磷肥的利用率才10%-25%，因为磷酸根化学活性活泼，施入土壤后大部分磷与土壤中的Zn2+、Mg2+、Ca2+、Fe3+、Al3+等阳离子结合形成难溶性磷肥。钾的利用率也只有50%左右。3、化肥大量使用使蔬菜瓜果品质大大下降。由于作物不仅仅需要氮磷钾，同时还需要钙铁锌硒等许多微量元素，而化肥一般成分比较单一，所以长期使用化肥必然导致土壤中所含养分趋于单一，易使作物营养失调，从而导致作物内部转化合成受阻，必然导致作物品质下降，瓜不甜，菜不香。4、危害人体健康。大量施用化肥，易使蔬菜中硝酸盐含量超标，而亚硝酸盐与胺类物质结合形成N-亚硝酸基化合物为强致癌物质。5、化肥的大量使用，还造成土壤的有益菌、蚯蚓的大量死亡。6、化肥的长期低效施用，往往造成土壤中某些元素的过分积累和土壤理化性质的变化及环境的污染。7、从中国大量使用化肥看，越使用化肥，地力就越下降，就越依赖化肥，由此形成恶性循环。目前中国化肥平均利用率只有30%左右，有70%左右以挥发、淋失、固定的形式被浪费掉。挥发掉的污染空气、淋失的污染水源、固定的造成土壤板结。在板结的土壤环境中，植物根系不能正常生长，影响吸收能力，进而影响产量；土壤供氧能力减弱，根系呼吸作用产生的代谢物不能被分解，造成根腐病等土传病害。解决土壤板结的和有效的方法就是给土壤中注入大量的有益微生物，通过提高化肥利用率、降低化肥残留来疏松土壤。有益菌施入土壤后能大量繁殖，形成优势种群，拮抗病原菌，抑制病原菌的再生和繁衍，净化土壤环境。
本地或外在使用生物菌肥的例证：
生物菌肥使用的注意事项：
（一）要求土壤墒情适宜。土壤太干或太湿都不利于菌肥肥效的发挥，适宜的土壤湿度为60%左右，即见干见湿的土壤湿度为适宜。（二）不能与杀菌剂混用菌是菌肥的主要体现，杀菌剂容易杀肥中的活性菌，降低菌肥的肥效。（三）与化肥混用，要注意化肥用量不能过大。高浓度的化学物质对菌肥里的微生物有毒害作用，尤其注意不能与碳酸氢铵等碱性肥料和硝酸钠等生理碱性肥料混用。（四）不同种类的菌肥也不宜混用。
生物菌肥使用方法：
1、生物菌肥适宜在15-35℃的气温中能快速扩繁。特别是在干湿交替灌溉状态下的水稻田里，能很好的发挥生物菌的活性，并能够显著的促进稻禾健康旺盛生长。
2、生物菌肥在旱地施用的含水量应在30-60%之间宜于扩展繁殖。湿度低于30%施用时必须浇水，只有生物菌肥在土壤中有繁殖活性，才能帮助农作物吸收其它有机肥或无机肥的养分，特别是配合有机质肥应用还具有一定的抗旱作用。
3、生物菌肥在作物播种前期作基肥施用佳。一是生物菌肥中的有益菌能杀掉土壤中的有害菌，二是能帮助植物吸收土壤中70%源在肥料营养，因此，适时的施用一定的生物菌肥，对植物苗期生长效果佳。
4、生物菌肥好在阴凉适宜的气候条件下施用。如清晨9点钟以前、傍晚4点钟以后或阴天，因为强烈的阳光紫外线会影响生物菌的活性，开包的生物菌肥尽量一次用完，气温低于10℃以下施用效果不明显。
5、生物菌肥不能与杀菌剂、除草剂、新鲜草木灰、碱性农药等直接混用。两者要间隔5-7天才可使用，混用的喷雾器也应清洗干净再用。否则，其农药残留会影响生物菌的活性。
6、生物菌肥的施用量一般2公斤/亩左右。经济型的棉花、果树用量要多一点，以基肥施用2公斤/亩为主，也可在作物分蘖期和花果期喷施，兑水量30公斤/包左右，尽量喷施在茎叶的背面，若再添加0.2%的磷酸二氢钾与硼砂等微量元素肥效果更佳。
7、生物菌肥配合发酵后的农家有机粪肥施用效果好。二者相辅相成，效果佳，一能减少化学肥用量，达到合理用肥效果；二能改良土壤的板结，提高肥料利用率；三是增强了作物抗病、抗虫、抗灾能力。所以说，施用生物菌肥不仅能减少农药、化肥过多成本投入，同时还能起到作物生产节本增收与生态环保效益。
生物菌肥施入土壤中，有一个适应过程才能繁殖、生长活动，其显效期为7-10天后，就能逐渐均衡地给植物供养发挥作用，功效期可长达6-8个月，所以，一季作物只要施用一次生物菌肥，其功效期就能维持整个生长期的需求。